1、手术治疗：主要是采用手术治疗。作胆总管探查或切开取石术，用T管引流胆总管，并常规通过T管作术中胆管造影术，可减少胆管残留结石的发生。手术探查胆管后，还可应用胆道镜检查，以明确胆管内有无结石遗留。通过胆道镜能定位和取出遗留的胆管结石。手术后T管引流10～14天，待病人的黄疸基本消退，全身和胆管局部感染也基本控制，并且胆管造影肯定胆管内无残余结石的胆管至十二指肠畅通无阻的，即可拔除T管。胆管残留结石和复发结石一直是胆总管结石手术治疗后最麻烦的问题，特别在原发性胆管结石病人，结石为较多较碎的色素钙结石，不易取尽，往往容易术后残留。这类病人即使术中已基本取尽结石，但术后结石的复发率仍然很高。为此，不少学者提出，对这类病人，首先在手术中通过术中胆管造影和胆道镜等手段尽可能取尽结石，如手术后仍发生胆管残余结石而又不能用非手术疗法取出，或在手术后数月或数年后又有结石复发，再次作胆管切开取石手术时，应加作胆道肠道内引流术、即胆管十二指肠吻合术、奥狄括约肌成形术或胆管空肠吻合术。前二种内引流手术的主要缺点为术后容易因食物返流而发生返流性胆管炎。胆管空肠吻合术后返流性胆管炎发生较少。也有人认为，在第一次胆管切开取右手术时，如发现为泥沙样色素性结石，即作胆道内引流术。胆道内引流术后，在胆道和肠道间有了一个通畅怕引流道，胆管结石即能由此排入肠道。对手术后减少结石的复发，排出胆管内可能残留的结石，消除胆管症状有相当的价值。如结石嵌顿在乏特壶腹部，奥狄括约肌成形术是首选的手术。

2、手术后残余结石的非手术治疗：目前，不少胆道手术后近期内发生的残余结石可以通过非手术疗法取出，而避免了再次手术。常用的方法有两种，机械取石法和药物溶石疗法。机械取石法主要是通过手术后T管的窦道，在电视屏观察下，或通过胆道镜的观察，用取石篮或用特殊的取石钳将胆管内结石取出。也可通过纤维十二指肠镜切开十二指肠乳头部括约肌后，用取石将残余结石拉出胆管，或用盐水经T管将结石冲出。不少学者报告机械取石法的成功率可达90%以上。药物溶石疗法主要应用复方胆酸钠溶液、六偏磷酸钠溶液、肝素溶液以及鹅去氧胆酸溶液等，但疗效均不够满意。最近有报告采用辛酸甘油单脂和甲基叔丁醚能有效溶解2/3病例的胆固醇性残余结石。但对胆色素钙结石至今尚无特殊有效的溶解药物。对非手术疗法治疗胆管残余结石无效的病人，仍须采用手术治疗。其他特殊疗法：经内镜十二指乳头括约肌切开术(EPT)作为治疗胆总管结石的主要手段，几乎80%以上的患者接受内镜十二指肠乳头括约肌切开术治疗，近些年国内一些大医院和专科医院也将内镜十二指肠乳头括约肌切开术或境内十二指肠乳头括约肌切开技术加内镜取石碎石术作为非手术治疗胆总管结石的重要手段，日益普及推广。胆总管结石的非手术治疗方法还有经T管取石术，经胆道镜取石碎石术，灌注溶石术，体外震波碎石术等。